органы которые действуют самостоятельно независимо от нашей воли 

Ну, если вопрос чисто анатомический, то, наверное, все 
Легкие, сердце, печень, почти, желудок, кишечки и прочее, прочее, прочее, регулируется это все, правда, работой головного мозга