Почему слова престиж, президент, президиум, премьера, претензия премировать пишутся в приставке с буквой е ?
И почему у слов привелегия ,приоритет , принципиальный , приватизация, примитивный , примадонна пишется в приставке при и?

Скорее всего словарные...

Точно не объясню, но нас учили так: приставка ПРЕ обозначает что-то возвышенное, то есть ПРЕстиж, ПРЕзидент и т.д - то слова, смысл которых - это что-либо, возвышающееся над обычными людьми, что-то первое и великое. 
ПРИ обозначает присоединение или близость к чему-то, ПРИвелегия - это то, что принадлежит кому-то.