Почему нельзя считать в наше время однокоренными слова конь, конюх, конюшня и слова коньки, конькобежец?

потому что слова:конь,конюх,конюшня образованы от слова конь
а слова:коньки,конькобежец образованы от слова коньки

конь,конюх,конюшня-это однокоренные слова т. к. у них одинаковый корень и они связаны по смыслу.
с коньками тоже самое.
они не считаются однокоренными потому что по смыслу не одинаковые.