разобрать по составу слово вагоны и бабочка

вагон- (корень) ы- (окончание) баб- (корень) очк-(суффикс) а- (окончание)

вагоны-от слова вагон и поэтому корень вагон! я знаю лучше тебя

чтобы найти корень нужно посмотреть от какого слова оно образовано, в начем случаи вагоны образован от слова вагон!

Вагоны-Вагон-корень, ы- окончание. И основа все кроме окончания. 
Бабочка-Бабоч-корень, к-суффикс, а-окончание. И основа все кроме окончания.