Почему несение военной службы для верующих в случае необходимости заменяется альтернативной гражданской службой а не отменяется совсем

Не отменяется, потому что верующий остается гражданином страны. Ему же не отменяется бесплатный медицинский минимум или ответственность за преступление. 
Та же церковь учит повиноваться светской власти.