Почему Толстой отрицательно относится к Наполеону и с любовью к Кутузову?

Тут очень просто. Толстой-был истинным патриотом России. И как следствие, он не мог избрать сторону чужеземца. Хотя, Наполеон такой же великий полководец, как Кутузов.