Попробуйте отредактировать письмо ,избежав повторение союзного слово "который" и союза "что":
Квартира, которую я занимаю во втором этаже дома, в котором вы предложили произвести некоторые перестройки, вполне соответствует моему образу жизни и приобретённой, вследствие долгого пребывания в сём доме, привычке. Известясь через крепостного моего человека, Захара Трофимова, что вы приказали сообщить мне, что занимаемая мною квартира...»