почему в предложении (он купается) нет на верху крестика,а в слове купается окончание ЕТ??

Крестик ставится над главным словом в словосочетании. А - ОН КУПАЕТСЯ - это предложение, где ОН - это подлежащее, а КУПАЕТСЯ - это сказуемое. Получается, что оба слова - главные.

Глагол КУПАЕТСЯ - 1 спряжения (купаться). У глаголов 1 спряжения не бывает окончания ИТ, только ЕТ.