"почему двоякодышащих и кистеперых рыб можно считать переходными формами между водными и наземными животными "

Потому что в отсутвии воды они могут переходить на легочное дыхание, за что они и получили свое название "двоякодышащие" (дышащие с помощью легких и жабр).