Почему окончания В.п. числительного оба(обе) в одних случаях совпадают с окончанием именительного, в других-родительного падежа

Потому что вопросы Винительного падежа:
Кого?( для одушевленных) и Что?(для неодушевленных)
Вопрос Кого? задается также и в Родительном падеже, а вопрос Что? в Именительном